Fortkaj er en moderne fortolkning af den klassiske firkantede karrébygning kendt fra de centrale københavnske byområder og er her en reference til det naboliggende Østerbro. Boligkomplekset består af fire vinkler markeret skiftevis med glat eller reliefmurværk. Bygningernes forskellige højder skaber et dynamisk udtryk. Dette tilføjer moderne elementer til den klassiske struktur, hvorved Fortkaj illustrerer Nordhavns historie; en sammenfletning af historisk og moderne arkitektur.
Arkitekturen udnytter havnebassinets placering, da store vinduespartier og altaner trækker det omkringliggende miljø ind i bygningen med altaner placeret tilbage i facaden på et fundament af påmonterede elementer. Dette bidrager til et skarpt skåret design med en markant og enkel detaljering, der skaber både skyggeeffekt og læ.
En intim gårdhave med smuk beplantning fungerer som mødested, hvor beboerne inviteres til at lege og dyrke de små haver. Gårdområdets beplantede højbede i cortenstål spiller smukt mod facadens røde tegl.
Bygningens stringente udtryk står i kontrast til det mere poetiske udtryk på Kronholmøen. Fortkaj er forbundet med øen via en undervandstunnel, der fører biler fra gadeplan ned i en underjordisk tre-etagers parkeringskælder under Kronløbsøen.